ホーム > 健康・福祉・子育て > 医療 > 医療政策 > 電子処方箋の活用・普及促進事業について

初期公開日：2024年4月24日更新日：2026年4月1日

ここから本文です。

電子処方箋の活用・普及促進事業について

神奈川県医療提供体制推進事業費補助金（電子処方箋の活用・普及の促進事業）に関するページです。

お知らせ

令和6年度に補助金の交付を受けた事業者からの消費税及び地方消費税仕入控除税額報告の提出期間は令和8年3月31日で終了しました。　
次の事業者からの仕入控除税額報告は、令和8年度中に受付します。詳細が決まり次第このページでご案内します。

令和6年度に補助金の交付を受けたが、仕入控除税額報告が未報告の事業者
令和7年度に補助金の交付を受けた全ての事業者

県民向けの案内を公開しています。

「ご存じですか?電子処方箋」　（画像をクリック）

消費税仕入控除税額報告の手続き

補助金の概要　よくある質問（別ページ）

消費税仕入控除税額報告の手続きについて

問合せ先

神奈川県薬務課　薬事指導グループ　電子処方箋補助金係

電話番号：045-210-4967

概要

補助金の消費税及び地方消費税仕入控除税額による減額・返還の制度は、消費税等を含む補助金として交付した金額のうち、仕入税額控除の適用を受けることができるものについては、補助事業者が最終的な負担をしないことになることから減額・返還を求める制度です。

補助金の交付を受けた事業者は、消費税及び地方消費税の申告により、補助金にかかる消費税及び地方消費税の仕入控除税額が確定した場合には、速やかに県知事に報告してください。仕入控除税額が0円の場合も報告が必要です。

令和６年度及び7年度に本県から補助金の交付を受けた事業者のうち、上記の報告を行っていない事業者は、必ずお手続きをお願いします。

対象者

この補助金の交付を受けた1及び2の事業者（返還額が0円の事業者でも報告は必要です。）

令和6年度に補助金の交付を受けたが、仕入控除税額報告が未報告の事業者
令和7年度に補助金の交付を受けた全ての事業者

提出期間

令和8年度中に受付します。詳細は改めてご案内します。

提出期限までに県の補助金の交付を受けた時期を含む確定申告が完了しない場合は、提出期間に関わらず、準備出来次第報告してください、

報告方法

※令和7年度の報告方法です。令和8年度は変更となる可能性がありますのでご了承ください。

１．「返還の有無に係るフローチャート」により、返還の有無のパターンを確認してください。ご自身がどれに該当するか不明な場合、税務署又は税理士等にご相談ください。

※仕入控除税額が０円であっても必ず報告が必要です。

chart

返還の有無に係るフローチャート（PDF：122KB）（別ウィンドウで開きます）

２．報告方法を選択してください。e-kanagawa電子申請システムか郵送による報告となります。

e-kanagawa電子申請システムで報告する場合

電子申請フォーム（別ウィンドウで開きます）

消費税及び地方消費税仕入控除税額報告書は電子申請フォームに直接入力して作成してください。（入力内容は様式としてPDF出力が可能です。）

下記の添付書類は電子申請フォームに添付してください。

入力用シート（エクセル：19KB）（仕入控除税額（返還額）がある場合のみ）・記載例（PDF：988KB）（別ウィンドウで開きます）
事業者に応じた書類（下表よりパターンに応じた書類を添付してください。）

※e-kanagawa電子申請システムにおける修正方法は下記をご参照ください。

https://dshinsei.e-kanagawa.lg.jp/help/PREFKN/inquiry2-1-3.htm（別ウィンドウで開きます）

郵送で報告する場合

下記の報告書・添付書類一式を薬務課あて郵送してください。

消費税及び地方消費税仕入控除税額報告書（エクセル：15KB）・記載例（PDF：492KB）
入力用シート（エクセル：19KB）（仕入控除税額（返還額）がある場合のみ）・記載例（PDF：988KB）（別ウィンドウで開きます）
事業者に応じた書類（下表よりパターンに応じた書類を添付してください。）

＜書類の郵送先＞

〒231-8588
神奈川県横浜市中区日本大通1
神奈川県薬務課　薬事指導グループ　電子処方箋補助金係　あて

事業者に応じた書類

返還の有無

事業者に応じた書類

パターン①　

消費税の申告義務がない

課税売上高1,000万円以下であることを示す資料

例：法人事業概況説明書・所得税青色申告決算書(一般用)付表《医師及び歯科医師用》・損益計算書・事業活動内訳表等

パターン②

簡易課税方式により申告している

簡易課税方式の消費税及び地方消費税の確定申告書の写し

パターン③

公益法人等であって、特定収入割合が５％を超えている

消費税及び地方消費税の確定申告書の写し
特定収入割合の計算過程が分かる書類（任意様式）

パターン④

補助対象経費にかかる消費税を、個別対応方式において、「非課税売上のみに要するもの」として申告している

消費税及び地方消費税の確定申告書の写し

パターン⑤

補助対象経費が人件費等の非課税仕入となっている

消費税及び地方消費税の確定申告書の写し

パターン⑥

インボイス制度における２割特例の適用を受けている

「税額控除に係る経過措置の適用(２割特例)」欄に〇のある消費税及び地方消費税の確定申告書の写し

パターン⑦

課税売上割合が95％以上かつ課税売上高が５億円以下の法人等の場合

消費税及び地方消費税の確定申告書の写し（※）
付表２（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表）の写し

※原則として、本補助金の交付を受けた時期を含む確定申告書（第３-(1)号様式）の写し（この時期の確定申告書がまだお手元にない場合は、提出期間に関わらず、ご準備出来次第報告してください。）

パターン⑧

一括比例配分方式により消費税の申告を行っている場合

消費税及び地方消費税の確定申告書の写し（※）
付表２（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表）の写し

パターン⑨

個別対応方式により消費税の申告を行っている場合

消費税及び地方消費税の確定申告書の写し（※）
付表２（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表）の写し

３．返還がある場合は、後日返還手続きを行ってください。

報告書の審査後に、返還通知書及び納入通知書を郵送します。納入通知書により金融機関の窓口等で納付期限までに返還額を納付してください。

なお、このお知らせには数か月かかる場合があります。

※仕入控除税額0円（返還額なし）の場合、手続きは完了ですので、これ以降の手続きはありません。

補助金の概要　

本県では、令和6年度及び7年度に、電子処方箋の活用・普及に向け、県内の医療機関及び薬局を対象に「電子処方箋管理サービス」の導入費用の一部補助を行いました。

令和8年度について、本県で補助を行う予定はありませんが、社会保険診療報酬⽀払基⾦において、電⼦処⽅箋管理サービスの導⼊等に係る費⽤の補助を⾏っています。

医療機関等向け総合ポータルサイト-電⼦処⽅箋管理サービス（別ウィンドウで開きます）

補助対象者

県内の保険医療機関（健康保険法第63条第3項各号に定める病院又は診療所に限る。）
県内の保険薬局（健康保険法第63条第3項各号に定める薬局に限る。）

補助対象事業

（1）電子処方箋管理サービスの初期導入（（3）に掲げるものを除く。）に係る導入費用※

　※導入費用とは、レセプトコンピューター及び電子カルテシステム等の既存システムの改修、導入に付随する医療機関・薬局職員への実施指導等の費用をいう

（2）電子処方箋管理サービスの初期導入とは別に新機能※を導入するための導入費用

　※新機能とは「電子処方箋管理サービスの導入に関するシステムベンダ向け技術解説書」に掲げられた「リフィル処方箋」「口頭同意による重複投薬等チェック結果の閲覧」「マイナンバーカード署名」「処方箋ID検索」「調剤結果ID検索」に関する機能をいう

（3）電子処方箋管理サービスの初期導入と新機能を同時に導入するための導入費用

補助率・補助上限額

補助対象者の種別と補助対象事業により補助率・補助上限額が異なります。

**大規模病院（病床数200床以上）**
対象経費	基準額	補助率	補助上限額
(1)電子処方箋導入費用	4,866,000円	6分の1	811,000円
(2)電子処方箋新機能導入費用	1,356,000円	6分の1	226,000円
(3)(1)・(2)同時導入費用	6,022,000円	6分の1	1,003,000円

※(3)の事業を行った場合のイメージ

**病院（大規模病院以外）**
対象経費	基準額	補助率	補助上限額
(1)電子処方箋導入費用	3,259,000円	6分の1	543,000円
(2)電子処方箋新機能導入費用	1,002,000円	6分の1	167,000円
(3)(1)・(2)同時導入費用	4,059,000円	6分の1	676,000円

※(3)の事業を行った場合のイメージ

**診療所**
対象経費	基準額	補助率	補助上限額
(1)電子処方箋導入費用	388,000円	4分の1	97,000円
(2)電子処方箋新機能導入費用	245,000円	4分の1	61,000円
(3)(1)・(2)同時導入費用	542,000円	4分の1	135,000円

※(3)の事業を行った場合のイメージ

image_clinic

薬局

対象経費	基準額	補助率	補助上限額
(1)電子処方箋導入費用	388,000円	4分の1	97,000円
(2)電子処方箋新機能導入費用	256,000円	4分の1	64,000円
(3)(1)・(2)同時導入費用	553,000円	4分の1	138,000円